Trotz seiner geringen Waldbestände beherbergt Kirgisistan die größten Walnusswälder der Welt. In den Wäldern leben Sibirisches Reh, Braunbär, Marder, Wildschwein, Wolf und Luchs. In den Hochlagen gibt es die höchst seltenen Manul, Schneeleoparden, Sibirischer Steinbock und Tianshan-Argali.
Die Vogelwelt trägt der gebirgigen Lage des Landes Rechnung. Im Land leben Greifvogelarten wie beispielsweise Schwarzmilan, Gänsegeier, Schneegeier und verschiedene Adler- und Falkenarten.
Ein Schutzgebiet, in dem die Hochgebirgsfauna des Landes geschützt wird, ist das Sarychat-Ertash-Naturreservat, das südlich des Issyk-Kul liegt.